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1、化学结构的区别
ASO是单链，siRNA是双链。
2、作用机制的区别
ASO或通过RNase H降解靶mRNA，或通过空间位阻干扰mRNA功能，siRNA主要通过RISC降解mRNA。
3、发挥药效的细胞空间
Rnase H在胞质和胞核都有，ASO可以在胞质和胞核发挥作用，但RISC只在胞质，故siRNA只在胞质发挥作用。
4、药效作用持久性及是否可以放大
RISC可反复作用靶标mRNA，药效会持久。
另外siRNA被释放的正义链或被降解，也可作为引物，在RNA依赖的RNA聚合酶的催化下以靶mRNA为模板扩增得到dsRNA，dsRNA又被Dicer降解成siRNA，进入RNAi循环，从而药物效果级联放大。
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